Danzō Shimura

Danzō fue amigo y compañero de Hiruzen Sarutobi y a pesar de sus esfuerzos, Danzō siempre se sintió inferior a Hiruzen. Durante la Primera Guerra Shinobi, Danzō, junto con sus compañeros de equipo, Kagami Uchiha y Torifu Akimichi, así como Hiruzen y sus compañeros, Koharu Utatane y Homura Mitokado, formaron un pelotón liderado por el Segundo Hokage. En algún momento, el equipo fue perseguido por ninjas enemigos de Kumogakure y se dieron cuenta de que uno de ellos tendría que distraer a sus perseguidores. Con la esperanza de morir por sus compañeros, al igual que su padre y su abuelo, Danzō trató de ayudar, pero se quedó paralizado por el miedo ante la perspectiva de su muerte. Hiruzen se ofreció voluntario antes de que pudiera recobrar la compostura.

Enojado ante la perspectiva de que Hiruzen hubiera ganado una vez más, Danzō comenzó a protestar, pero Tobirama decidió ser el señuelo en su lugar. Antes de irse, Tobirama nombra a Hiruzen como el Tercer Hokage de Konohagakure. Hiruzen fue nombrado como el nuevo Hokage, pero Danzō ansiaba ser Hokage. Para ello, creó la filial ANBU llamada raíz. Aunque el grupo se separó oficialmente más tarde, se mantuvo activo en secreto. Durante la Tercera Guerra Shinobi, Danzō acordó ayudar a Hanzō de Amegakure con el fin de recibir ayuda para reclamar el título de Hokage. Envió a algunos de sus ninjas para hacer frente a los huérfanos Amegakure, pero todos fueron exterminados por Nagato.

En algún momento, él junto con ninjas de la Raíz, Orochimaru y Tatsuma Aburame, lo acompañaron a un orfanato, donde uno de los ex-miembros de la raíz, Nonō, fue colocado como guardiana. Afirmó que se requería de su experiencia en la recopilación de inteligencia con el fin de infiltrarse en Iwagakure y averiguar la inteligencia que había recibido, en la cual, supuestamente, el pueblo estaba planeando algo importante, y es exactamente lo que era. Después de haber sido fuertemente armados en la realización de la misión, Danzō vio a un Kabuto niño espiando desde la ventana y menciona que necesitan uno de los niños para reemplazar a otro agente que había muerto para recuperar la inteligencia que tenían. A pesar de la protesta de los cuidadores, Danzō toma nota de que no había nada de malo en preguntar. Con esto, Kabuto se une a ellos. 

Después en una visita al laboratorio de Orochimaru, estos dan por fallidos todos los experimentos. Pero no se dieron cuenta de que uno había sobrevivido, Danzo, por una razón, vuelve y encuentra a Tenzo a punto de ahogarse. Éste rompe la cápsula y le salva la vida a Tenzo.

Después de que el Kyubi atacara Konoha, Danzō fue uno de los ancianos que sospechaba que el clan Uchiha estaba involucrado en este incidente y apoyó la reubicación del clan a una zona apartada del pueblo donde fácilmente pudieran ser controlados. Cuando la noticia de un golpe de estado planeado por el clan Uchiha llegó a la dirección de Konoha, Danzō se aprovechó de las tendencias pacifistas de Itachi Uchiha y le convenció para ser un espía del clan. Cuando los intentos de Hiruzen de poner fin al golpe de Estado diplomáticamente fracasaron, se ordenó a Itachi acabar con el clan Uchiha. Sin embargo, Itachi se negó a matar a su hermano menor, Sasuke Uchiha, y amenazó con contar todo lo que sabía acerca de Konoha a los países rivales, si Danzō perjudicaba a Sasuke. Se reunió con Tobi en esta época por razones todavía desconocidas. En algún momento, después de la muerte de Shisui Uchiha, Danzō se implantó su Sharingan. También trabajó con Orochimaru para implantarse el ADN de Hashirama Senju en su brazo derecho para aumentar su fuerza física. Tobi especula sobre esto. El hecho de que Danzō se hiciera con diez Sharingan a la vez implantados en su brazo derecho con el efecto adicional de permitir a Danzo utilizar el Elemento Madera y en última instancia, el kinjutsu dōjutsu: Izanagi.

Después de la muerte de Minato, Danzo incitó a Kakashi a trabajar a su lado y éste le hizo creer que aceptaba, pero era una trampa. Kakashi le dio un pergamino que decía un viaje del Hokage hacia el palacio del Daimyo. Danzo trató de emboscar al Hokage, pero al momento de atacar el "Hokage", era Kakashi con el Jutsu de Transformación. El Cuarto Raikage insinuó que Danzō utilizó a Akatsuki en el momento de la Invasión de Konoha, más exactamente, una alianza secreta con Orochimaru, quien en ese momento ya no era un miembro de la organización, para eliminar al Tercer Hokage y el Cuarto Kazekage. Danzō visita el Clan Aburame, comentando que planea rearmar la organización Raíz y que desea reclutar un ninja por cada clan que posee un jutsu secreto, así que le exige a Shibi Aburame que le entregue a Shino, ya que al ser hijo de él, debe de tener mucho talento. Torune se ofrece para el puesto y Danzō acepta al darse cuenta de que era el hijo de Shikuro Aburame y que poseía la habilidad de los insectos venenosos. Al día siguiente, Danzō puso a luchar a Torune contra Fū Yamanaka, quien al ser un ninja experimentado, pudo esquivar sus ataques; en ese momento, Danzō decidió hacerlos compañeros en la Raíz.